حددت وزارة الزراعة واستصلاح الأراضي عددًا من التحديات التي واجهت القطاع الزراعي برغم الجهود المبذولة التي تمت في دعمه من قبل القيادة السياسية ومن أهمها:
1- تتمثل أبرز تلك التحديات في محدودية الرقعة الزراعية خاصة فى ظل التعديات التى تمت على الأراضى فى الفترات الماضية، ما أدى الى انحسار الرقعة القابلة للزراعة وتآكل مساحات كبيرة.
2 – محدودية المياه خاصة أن القطاع الزراعى يعتبر المستهلك الأكبر لحصة مصر من المياه.
3 – الزيادة السكانية بمعدلات لا تتفق مع معدلات الزيادة فى مساحة الرقعة الزراعية إذا انخفض نصيب الفرد من مساحة الرقعة الزراعية إلى أقل من 2 قيراط بعد أن كان فى بعض الفترات الماضية أكثر من فدان وهو ما يتسوجب من مؤتمركم هذا البحث فى آليات وحلول لضبط الزيادة السكانية حتى نلمس جميعاً النتائج الإيجابية للنمو المتحقق.
4 – تفتت الحيازة الزراعية بدرجة كبيرة إذا يصل عدد الحائزين لمساحات أقل من فدان إلى 3,4 مليون حائز بما يعادل حوالى 70% من إجمالى عدد الحائزين وهو ما يؤدى إلى ضعف كفاءة استغلال الاراضى الزراعية و ضعف إمكانية استخدام الميكنة الزراعية وصعوبة تطبيق الدورة الزراعية وزيادة تكاليف الإنتاج.
5 – التغيرات المناخية التى ظهرت مؤخراً وأثرت على كثير من الدول ومنها قطاع الزراعة الذى يعتبر من أكبر القطاعات التى تتأثر بهذا التغير خاصة مع زيادة معدلات البخر والاحتياجات المائية للنبات والتأثير على التزهير والعقد والأمراض والحشرات وغيرها، وتعمل الوزارة بالتنسيق مع الوزارات و الجهات ذات الصلة بوضع إستراتيجية للتكييف والتخفيف من آثار هذه التغيرات.